Em geral o biodiesel obtido pela transesterificação é um biocombustível, a motor diesel, mais conhecido e usado. Porém por serem moléculas oxigenadas apresentam estruturas e propriedades muito diferente das verificadas em diesel derivado do petróleo. Isso acarreta certas desvantagens durante o seu uso que 
compromentem a qualidade do motor, assim como a viabilidade econômica do processo. 

O craqueamento térmico e a hidrodesoxigenação de ácidos graxos de óleos são uma alternativa promissora na pesquisa para obtenção de diesel verde com características estruturais e propriedades físico-química idênticas a diesel do petróleo, podendo assim ser competitivo, adequado e compatível com a tecnologia atual dos motores.